Das Ökosystem See Zuerst einmal kann man einen See sowohl horizontal als auch vertikal unterteilen. Diese Gliederung des Sees nach produktionsbiologischen Gesichtspunkten ist auf die verschiedenen Lichtverhältnisse zurückzuführen. Als Nährschicht wird jene Schicht bezeichnet die unter Normalbedingungen mehr organisches Material produziert als sie verbraucht. Schichten in denen dieses Verhältnis zugunsten der organischen Zehrung verschoben ist, nennt man Zehrschicht.

Die Bodenzone eines Sees bezeichnet man in der Fachsprache als Benthal. Dieser besitzt sowohl eine Nährschicht als auch eine Zehrschicht. Die Nährschicht wäre in diesem Fall der Flache Uferbereich mit seinen ausgedehnten Pflanzen und Schilfgürteln (Litoralzone). Der lichtlose Tiefenboden bildet die Zehrschicht, auch Profundal genannt.
Die an die Uferregion grenzende Wasserschicht wird Pelagial genannt uns Anglern auch besser als Freiwasser bekannt. Das lichtreiche Oberflächenwasser bezeichnet der Fachmann als Epilimnion. Diese Schicht ist meist um die 5m tief. Danach kommt das was man uns in der Fischerprüfung als Sprungschicht gelehrt hat. Der Fachausdruck hierfür ist Metalimnion. Die letzte und somit unterste Schicht bildet das sogenannte Hypolimnion.
In den meisten Gewässern herrscht ein sogenanntes fließendes Gleichgewicht das von verschiedenen biotischen und abiotischen Faktoren beeinflußt wird.
Ein See hat im Laufe eines Jahres genau zwei Vollzirkulationen, nämlich im Frühjahr und im Herbst. Im Sommer und im Winter herrscht Stagnation d.h. es kommt zu keiner Zirkulation zwischen Epilimnion und Hypolimnion. Während einer Zirkulation wird das sauerstoffreiche Epilimnion mit Nährstoffen aus dem Profundalbereich und umgekehrt der Profundalbereich mit Sauerstoff aus dem Epilimnion versorgt. Würde die Benthalschicht, insbesondere die Profundalschicht zu wenig Sauerstoff für die dort ablaufenden Oxidationsvorgänge zur Verfügung haben, würden nur noch Reduktionen ablaufen. Als Endprodukte wären hierbei das für das Gewässer giftige Methan, Schwefelwasserstoff und Ammoniak zu nennen. Außerdem würde das Gewässer umkippen. Für die Abbauvorgänge sind die sogenannten Destruenten verantwortlich. Sie zerlegen organische Abfallstoffe wie Eiweiß in Aminosäuren, diese werden dann mit Hilfe von Bakterien weiter zu Ammonium-Ionen abgebaut und schließlich in Nitrit und Nitrationen abgebaut. Diesen Vorgang bezeichnet man auch als Nitrifikation. Im allgemeinen findet die sogenannte Mineralisierung statt, das ist die Umwandlung von organischen Abfallstoffen in anorganische Produkte, die wiederum den Produzenten als Nahrung dienen. Zu den Produzenten gehört das Phytoplankton, das sich im Epilimnion aufhält und den für den See wichtigen Sauerstoff durch Photosynthese herstellt. Um die Verschiedenen funktionellen Gruppen innerhalb des Sees zu vervollständigen muss nun nur noch auf die Konsumenten eingegangen werden. Hier unterscheidet man zwischen Primär-, Sekundär- und Endkonsumenten. Primärkonsument ist das Zooplankton welches sich vom Phytoplankton ernährt. Sekundärkonsumenten sind kleinere Fische und zu den Endkonsumenten gehören die Raubfische.
Des weiteren unterscheidet man zwischen Plankton (Phyto und Zooplankton), Nekton (Fische), Neuston und Pleuston (Oberflächenbewohner wie Wasserläufer) und Benthon z.B. Muscheln.